MTs Al-Ittihaad terintegrasi langsung dengan Pondok Pesantren Al-Ittihaad, sehingga proses pendidikan di madrasah berjalan seiring dengan pembinaan keagamaan di pesantren. Melalui sistem yang terpadu ini, siswa tidak hanya mendapatkan pelajaran formal, tetapi juga bimbingan akhlak, ibadah, dan pembiasaan keislaman yang konsisten setiap hari.
Pondok Pesantren Al-Ittihaad diasuh oleh K.H. Drs. Mughni Labib, M.S.I, yang juga menjabat sebagai Rois Syuriah NU Kabupaten Banyumas. Di bawah arahan beliau, lingkungan pesantren tumbuh sebagai tempat belajar yang penuh kedisiplinan, keteladanan, dan nilai-nilai Ahlussunnah wal Jama’ah.
Integrasi ini menjadikan MTs Al-Ittihaad sebagai lembaga pendidikan yang tidak hanya unggul secara akademik, tetapi juga kuat dalam pembinaan karakter dan spiritualitas santri.